La fundación de este monasterio fue una promesa que hizo a la Sma Virgen, el Infante D. Pedro de Atarés, sobrino carnal del Emperador D. Alonso.Las primeras fundadores vinieron del monasterio de Fabares (o Juley), Francia, donde era abadesa Sta Humbelina.
Este monasterio fue madre de siete filiaciones pues de aquí salieron a fundar los Monasterios de Perales, hoy Sta Ana de Valadolid; de Sta Maria la Real de Gradefes; de Cañas; de Vallbona; de Trasovares; de Sta Lucia de Zaragoza; y de Las Huelgas de Burgos, que es el mayor que reconocemos en toda España.
El día 24 de noviembre de 1808 pasaron las tropas de Napoleón por este monasterio en número muy considerable saqueando y devastándolo todo. La monjas habían salido precipitadamente la víspera, día 23, por Malon para refugiarse en los pueblos circunvecinos hasta el 4 de deciembre del mismo año que se restituyeron a este monasterio. Cuando entraron no encontraron ni los clavos: hasta las ventanas se habían llevado.
El 20 de enero del 1837 se hizo el secuestro o mejor dicho robo de las haciendas y todos los bienes de este monasterio y las monjas fueron pensionadas con cuatro reales diarios. Pero conservándose en el monasterio por la misericordia de Dios. No fueron pensionadas más que las doce monjas que entonces formaban la comunidad.
Poco tiempo después de este inicuo robo, los delegados del gobierno constitucional entraron de nuevo en este Real Monasterio y se llevaron el archivo con todas las escrituras, donaciones, Breves Pontificios, cartas reales y demás documentos y papeles, llevándolos a la Delegación de Hacienda de Pamplona... Ahora está nuestro archivo no en la Delegación, sino en la Diputación de Pamplona.

La consegración de la iglesia fue el 30 de agosto...

M. Ascensión VILLAFRANCA  ---  Supérieure  ---  1943 -1950

"  ---  Abbesse  ---  1950 - 1963

Isabel IÑIGO  ---  Abbesse  ---  20/08/1963 - 25/08/1975

Miren GARAMENDI  ---  Abbesse  ---  25/08/1975 - 30/11/1977

Hildegarda DIEZ DE ULZURRUM  ---  Abbesse  ---  17/12/1977 -03/04/1982

Margarita BARRA  ---  Abbesse  ---  10/04/1983 - 10/04/2007
Maria Pilar POSONERO --- Abbesse --- 10/04/2007 - 04/11/2009
Augusta TESCARI -- Superiora ad nutum - 04/11/2009